الانهيار الكبير لم يحدث بسقوط الوحدة بين سورية ومصر بل بمشاكل جناحي حزب البعث.صلاح الدين البيطار و ميشيل عفلق تشاركا في تأسيس حزب البعث وكان حزبا محدود الانتشار ويتركز بين طلبة الجامعات في دمشق وحلب وأفكاره يسارية متطرفة تصل لحد الشيوعية والإلحاد.
الحزب العربي الاشتراكي تأسس في حماة من أكرم الحوراني وكان امتدادا لنادي الشباب الذي تشكل من الوطنيين داخل حماة ضد الاستعمار الفرنسي وكان واسع الانتشار في محافظتي حماة وحمص وإدلب والى حد ما حلب واللاذقية.
توجد الحزبان معا تحت اسم حزب البعث العربي الاشتراكي.
لم تخل مسيرة القادة الثلاثة من الخلافات الحزبية والسياسية بسبب اختلاف مواقفهم مما مرت به سورية من انقلابات إلى وحدة إلى انفصال إلى انقلاب الثامن من آذار 1963 وما تلاه من انقلابات و تناحرات بين جناحي البعث .
كان البيطار من مؤيدي انقلاب البعث في آذار 1963 فتسلم رئاسة الوزارة 4 مرات و بقي في هذا المنصب حتى حركة 23 شباط عام 1966 وكتب أكرم الحوراني في مذكراته شهادة عن صلاح الدين البيطار : ( لقد اظهر انقلاب الثامن من آذار من كان مؤمنا بالديمقراطية إذ أصبحت قيد الإقامة الجبرية و في السجن ، وأصبح البيطار رئيسا للوزراء ،وكان عدد أعضاء حزب البعث من جماعة عفلق و البيطار لا يتجاوز 242 شخصا ) و يضيف الحوراني : ( شكل حكم 8 آذار ما يسمى الحرس القومي وإن صورة رئيس الوزراء صلاح البيطار لا تزال ماثلة في الأذهان و هو يحمل رشاشه وسط الشارع لحراسة هذا الحكم العسكري الذي تولى فيه رئاسة الوزارة مرتين متعاقبتين إلى أن أقصي عن الحكم بعد انقلاب شباط 1966 ).
بعد انقلاب 23 شباط عام 1966 تم اعتقال صلاح البيطار لكنه تمكن من الهرب إلى لبنان ثم صدر عليه حكم غيابي بالإعدام عام 1969 ثم في الحادي و العشرين من تموز 1980 اغتيل صلاح الدين البيطار في باريس .
قال أكرم الحوراني في مذكراته : (( لقد أحزنني اغتيال البيطار الذي دفع بدمه ثمن أخطائه لا سيما بعد أن قرأت مقاله الأخير في جريدة الإحياء العربي و كان عنوان المقال الذي يمكن اعتباره أجود ما كتبه صلاح البيطار هو ..//عفوك يا شعب سورية العظيم// وقد كتبه و هو يشعر بمسؤولية تأييده لانقلاب 8 آذار و ما تلاه )) و يختم قائلا" :(( لقد غسل استشهاد البيطار اعترافه بأخطائه و استغفاره شعب سورية ما في حياته السياسية من أخطاء كان حب السلطة دافعا" لارتكابها ، فكان استشهاده ثمنا" لعودته إلى شعب سورية العظيم )).
